中央臺在下午的直播中播放的神六入軌時間顯示的是大約13:55，當時的主持人李小萌也對此產生了疑問，并多次詢問當時駐北京飛控中心的另一位主持人張羽，是否這個時間就是準確的入軌時間，可是并未得到他的答復。后來李小萌可能是得到導播的提示，認為是由于時差的原因，顯示在屏幕上的時間就相當于北京時間15:55。可是這一說法是根本站不住腳的，因為當時飛船入軌所處的可監控區域為遠望2號所在的區域，而這一區域應比北京時間要早。而 如果說這 個時間是飛船上的時間，那也不成立，因為我們之前看到的畫面都是在同樣位置顯示的時間，并未出現類似的問題。而且在稍后看到的宇航員穿艙時間17:28也和北京時間是一致的。 這樣就產生了疑問，這個13:55的時間到底是怎么回事，我們看到的畫面是真實的嗎？（這次神六的轉播直播畫面太少，只有發射畫面是直播的） 但愿這個問題不會成為一宗懸案！一個不解之謎！

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2005年10月12日 09:00 [酒泉•武衛政]:點火！2005年10月12日 09:14 船箭在200公里高度成功分離火箭工作完成。2005年10月12日 09:13 船箭分離。2005年10月12日 09:21 北京航天飛控中心宣布：飛船正常入軌。飛船變軌從１５時５４分４５秒開始，變軌發動機工作了６３秒。應該是09:13 船箭分離。時就入軌了.１５時５４分４５秒開始變軌.６３秒后變軌完成.可以參看: