UPMGA怎么計算,可以用哪些軟件

熱心網友

你問的應該是UPGMA （un-weighted pair-group method with arithmetic mean）吧？中文一般稱之為平均距離法，采用的是兩兩逐步歸類的方法，首先計算出所有不同材料對之間的遺傳距離（遺傳距離具有多種不同度量，不同種類研究可能存在不同的喜好，可參照前人同一種類研究中常用的度量），得到遺傳距離矩陣，再根據遺傳距離的大小逐步歸類。聚類分析的單元稱為OTU（Operational Taxonomic Unit)，如果原始材料有n份，則計算之初有n個OTU，先將遺傳距離最小的一對材料（即1對OTU）聚為一組，再把該組當成1個OTU看待，重新比較（n-1)個OTU中哪一對遺傳距離最小并將其聚為一組，如此反復運算，最終完成所有的聚類分析。NTSYS是國際上常用的軟件，國內有SPSS等軟件。附件為UPGMA的簡單例子。