衣原體感染可用口服抗生素醫治。患者的性伴侶也必須一道接受治療,以杜絕再次感染和散布,如果置之不理,此病可導致輸卵管受損,因而不育。與此同時,也可能提高子宮外孕的風險。另外,衣原體感染會引發早產。嬰兒出世時也可能從母體感染病菌,導致眼疾、失明、或肺炎。